税务机关受理纳税人的留抵退税申请后，将按规定进行退税审核，并根据不同情况出具审核结果。第一种情形是，纳税人符合全部退税条件，且未发现任何风险疑点及未处理事项，准予留抵退税。第二种情形是，纳税人不符合留抵退税的一项或多项条件的，不予留抵退税。第三种情形是，虽然纳税人符合留抵退税条件，但存在风险疑点或相关未处理事项的，将暂停办理留抵退税，并对相关风险疑点进行排查，对未处理事项进行处理。处理完毕后，再按规定继续办理留抵退税。

当税务机关作出准予退税的决定后，将相应开具税收收入退还书，并发送给同级国库部门。

国库部门收到税务机关发送的税收收入退还书后，按规定进行退库审核，审核通过后，将退税款退付到纳税人指定的账户上。